Récemment,Rapport hebdomadaire du CDC chinoisUne importante étude a été publiée, décrivant l'enquête épidémiologique et étiologique menée en octobre 2025 sur une épidémie de gastro-entérite aiguë à rotavirus du groupe C (RVC) survenue dans une école primaire de Luzhou, province du Sichuan. Le kit de capture ciblée de pathogènes à haut débit (capture par sonde) et la technologie de séquençage par enrichissement du génome entier de Macro & Micro-Test ont joué un rôle déterminant dans cette enquête. En permettant une identification précise du pathogène et une caractérisation génomique complète, cette technologie a fourni des preuves scientifiques essentielles pour une confirmation rapide de l'épidémie, un traçage précis de sa source et un contrôle efficace de celle-ci.
Épidémie soudaine : premier cas de RVC signalé dans le sud-ouest de la Chine
Le 15 octobre 2025, une épidémie de gastro-entérite aiguë s'est déclarée dans une école primaire de Luzhou. L'établissement comptait 1 943 élèves et membres du personnel. Trente-deux cas ont été recensés, dont six confirmés par analyses de laboratoire et 26 diagnostiqués cliniquement, soit un taux d'attaque global de 1,65 %. Le pic de l'épidémie a été atteint entre le 15 et le 16 octobre, la classe de CM2 (7e année) présentant le taux d'attaque le plus élevé (23,08 %). La plupart des patients étaient des enfants d'âge scolaire (âge médian : 10 ans), présentant principalement des vomissements (65,62 %), des diarrhées (46,87 %) et des douleurs abdominales (37,50 %). Les symptômes ont généralement duré de un à trois jours, et tous les patients ont guéri sans complications graves.
L'enquête épidémiologique a permis d'identifier le cas index comme étant un garçon de 11 ans scolarisé en CM2 (classe de 7e). Sa sœur cadette avait présenté des symptômes similaires avant lui, ce qui suggère une transmission intrafamiliale. Une gestion inadéquate des vomissements sur le campus – notamment le balayage et l'élimination directs sans désinfection ni isolement de la zone – combinée à une mauvaise hygiène des mains chez les élèves, a probablement favorisé la propagation du virus. La plupart des salles de classe touchées se situaient entre le deuxième et le cinquième étage et partageaient des toilettes pour garçons adjacentes, ce qui indique que la transmission par aérosol et par contact a pu contribuer à la propagation.
L'enquête s'est avérée particulièrement difficile car les tests de dépistage de routine des agents pathogènes, y compris les tests de dépistage du norovirus et du rotavirus du groupe A, ont donné des résultats négatifs, indiquant qu'un agent pathogène inhabituel était responsable.
Diagnostic étiologique : le séquençage du génome entier de Macro & Micro-Test identifie le coupable
Les premiers tests de dépistage du norovirus se sont révélés négatifs. Le Centre de contrôle et de prévention des maladies de Luzhou a ensuite utilisé un test PCR multiplex en temps réel ciblant les pathogènes gastro-intestinaux, capable de détecter simultanément 28 agents pathogènes (8 virus, 17 bactéries et 3 parasites), pour analyser huit échantillons cliniques. Le 17 octobre, six échantillons se sont révélés positifs au rotavirus du groupe C, permettant ainsi d'identifier l'agent pathogène responsable.
Afin de mieux identifier la source de l'épidémie, les chercheurs ont réalisé un séquençage métagénomique nanopore et un séquençage d'enrichissement du génome entier par capture de sondes (Macro & Micro-Test) sur cinq échantillons positifs. Cette approche a permis de générer cinq séquences complètes du génome du RVC (SC01 à SC05). La stratégie intégrée de criblage rapide par PCR multiplex, suivie d'un séquençage du génome entier à haute résolution, a fourni un appui technique solide pour une épidémiologie moléculaire précise et la recherche de la source.
Aperçus scientifiques : Première identification du génotype M2 dans le sud-ouest de la Chine
À partir des données de séquençage du génome entier de haute qualité générées grâce à la technologie de Macro & Micro-Test, l'équipe de recherche a fait état de plusieurs découvertes scientifiques importantes :
Confirmation d'une épidémie monoclonale :Les cinq isolats viraux partageaient un génotype de génome entier identique (G4-P[2]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2), avec seulement 0 à 1 différence de polymorphisme nucléotidique unique (SNP), démontrant de manière concluante que l'épidémie provenait d'une seule chaîne de transmission.
Découverte du génotype M2 :L'analyse phylogénétique a révélé que les souches de RVC de Luzhou appartenaient au génotype M2 et non au génotype M3, précédemment considéré comme prédominant parmi les souches de RVC chinoises. Cette découverte remet en question la compréhension classique de la distribution des génotypes de RVC en Chine et confirme l'émergence du génotype M2 dans le sud-ouest du pays.
Preuves de liaisons de transmission internationales :La comparaison du génome entier a démontré une forte similarité génétique entre les souches de Luzhou et les souches RVC précédemment signalées au Yunnan (2025), à Novossibirsk, en Russie (2017), et en Italie (2012), suggérant l'existence d'un réseau de transmission eurasien actif.
Implications pour la prévention et le contrôle : le dépistage précoce et l’intervention rapide sont essentiels
Suite à l'identification de l'agent pathogène, le Centre de contrôle et de prévention des maladies de Luzhou a immédiatement mis en œuvre des mesures de contrôle complètes, notamment l'isolement des cas, la désinfection de l'environnement, la prise en charge standardisée des vomissements et la suspension temporaire des cours. L'épidémie a été maîtrisée avec succès en une seule période d'incubation, et aucun nouveau cas n'a été signalé après le 21 octobre.
L'enquête fournit également une importante leçon de santé publique : pour les épidémies groupées de gastro-entérite qui se révèlent négatives aux tests de dépistage du rotavirus du groupe A et du norovirus, le rotavirus du groupe C et d'autres rotavirus non du groupe A devraient être intégrés au dépistage diagnostique de routine.
Cette étude décrit le premier foyer de rotavirus du groupe C signalé dans le sud-ouest de la Chine et la première identification du génotype M2 dans la région, contribuant ainsi à une meilleure compréhension de l'épidémiologie du rotavirus C en Asie de l'Est. Dans cette investigation, la solution intégrée de Macro & Micro-Test, combinant le criblage par PCR multiplex et le séquençage d'enrichissement du génome entier, a démontré une grande utilité pratique en permettant à la fois une identification rapide du pathogène et un traçage moléculaire précis de la source, offrant ainsi un cadre technique reproductible pour l'investigation et le contrôle précis des futures épidémies de maladies infectieuses.
Date de publication : 30 juillet 2026