Épidémiologie moléculaire mondiale et régionale du VIH-1 entre 1990 et 2024 : revue systématique, enquête mondiale et analyse de la prévalence

Introduction

Une étude récente publiée dansThe Lancet Infectious Diseases(2026) fournit l’analyse mondiale la plus complète de l’épidémiologie moléculaire du VIH-1 à ce jour, intégrant des données d’examen systématique et une enquête mondiale de surveillance moléculaire.

En combinant des ensembles de données précédemment disponibles (1990-2021) avec des données de séquences nouvellement collectées, l'étude a intégré plus de1,39 million d'enregistrements de génotypage du VIH-1 provenant de 154 pays, collectés entre 1990 et 2024. En utilisant les estimations de l'ONUSIDA concernant le nombre de personnes vivant avec le VIH comme facteurs de pondération, les chercheurs ont généré des cartes mondiales et régionales décrivant la distribution temporelle et géographique des sous-types de VIH-1, des formes recombinantes circulantes (CRF) et des formes recombinantes uniques (URF).

Ces résultats démontrent que, même si le paysage mondial des sous-types de VIH-1 est resté relativement stable au cours des deux dernières décennies, d'importants changements régionaux se produisent, notamment sous l'effet de la diversité et de l'expansion croissantes des formes recombinantes.

Contexte de l'étude

Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) présente une grande diversité génétique en raison de son taux de mutation élevé, de sa capacité de recombinaison et de sa dynamique de transmission à long terme.

Cette variabilité génétique a des implications importantes pour :

• • surveillance moléculaire,
• · évaluation des performances diagnostiques,
• • surveillance de la résistance aux antirétroviraux,
• • et les stratégies de développement des vaccins.

L'étude visait à caractériser les schémas de distribution mondiaux et régionaux des sous-types et des formes recombinantes du VIH-1.1990 à 2024, offrant un cadre épidémiologique moléculaire actualisé pour la prévention et le contrôle mondiaux du VIH.

Conception et méthodes de l'étude

Les chercheurs ont mené une revue systématique des bases de données PubMed, Embase, Global Health et CINAHL, couvrant les études publiées entre le 1er janvier 2022 et le 22 janvier 2025.

De plus, des données ont été recueillies par l'intermédiaire du réseau Global HIV Molecular Epidemiology Collaboration.

Les ensembles de données admissibles comprenaient :

• • Informations sur le sous-type moléculaire du VIH-1,
• • emplacements d'échantillonnage clairement définis,
• · dates de collecte,
• · et un nombre suffisant d'échantillons.

L'ensemble de données final comprenait :

• · 1 395 222 enregistrements de génotypage du VIH-1 
• · 154 pays 
• · six périodes épidémiologiques :1990–1999, 2000–2004, 2005–2009, 2010–2014, 2015–2019, 2020–2024.

La prévalence mondiale et régionale des formes génétiques du VIH-1 a été estimée à l'aide de méthodes de pondération ajustées par l'ONUSIDA.

Répartition mondiale des sous-types du VIH-1 : le sous-type C reste dominant

Pendant2020–2024, le sous-type C est resté la lignée prédominante du VIH-1 dans le monde, représentant :

Globalement, les formes recombinantes (y compris les CRF et les URF) représentaient environ22,4 % des infections mondiales au VIH-1, soulignant la complexité croissante de la diversité génétique du VIH-1.

Le sous-type C continue de dominer principalement dans :

• · Afrique australe,
• · Asie du Sud,
• et plusieurs pays d'Afrique de l'Est.

Étant donné que ces régions concentrent une grande partie de la charge mondiale du VIH, la prédominance du sous-type C influence fortement la répartition mondiale du virus.

Différences régionales : des schémas évolutifs distincts d’un continent à l’autre

Bien que la structure mondiale du VIH-1 semble relativement stable, les schémas régionaux subissent une transformation substantielle.

Afrique australe et Asie du Sud : Dominance persistante du sous-type C

L’Afrique australe et l’Asie du Sud restent fortement caractérisées par une circulation de sous-type C.

Dans ces régions fortement touchées, le sous-type C représente l'écrasante majorité des virus en circulation, ce qui en fait le principal facteur contribuant à la prévalence mondiale du sous-type C.

Toutefois, l’étude souligne également que la couverture de l’échantillonnage moléculaire dans certaines régions fortement touchées reste limitée, ce qui suggère que des efforts de surveillance supplémentaires sont nécessaires pour mieux appréhender la diversité virale locale.

Amérique du Nord et Amérique latine : Dominance persistante du sous-type B

Le sous-type B reste la principale lignée circulante dans :

• · Amérique du Nord,
• · L'Amérique latine.

Ces régions présentent des profils épidémiologiques moléculaires relativement stables par rapport aux régions connaissant des transitions de sous-types plus rapides.

Europe occidentale et centrale : diversité génétique croissante

L’Europe occidentale et centrale connaît une transition progressive d’une épidémie à prédominance de sous-type B vers un paysage viral plus diversifié.

Les principales tendances sont les suivantes :

• · diminution de la proportion du sous-type B,
• • contribution croissante des formes recombinantes,
• • présence croissante de lignées non-B.

Ces changements indiquent que la diversité moléculaire du VIH-1 devient de plus en plus importante, même dans les régions historiquement dominées par le sous-type B.

Asie de l'Est : Expansion rapide des formes recombinantes

L'Asie de l'Est a connu l'un des changements épidémiologiques les plus importants.

L'étude a révélé que :

• · CRF07_BC a augmenté considérablement au fil du temps,
• • Le sous-type B a connu une baisse marquée.

CRF07_BC est passé d'environ13,1 % entre 2000 et 2004 contre 48,1 % entre 2020 et 2024, démontrant un changement majeur dans l'épidémiologie moléculaire régionale du VIH-1.

Cette transformation souligne l'importance d'une surveillance moléculaire continue dans les régions où les formes recombinantes deviennent dominantes.

Formes recombinantes : une composante croissante de la diversité mondiale du VIH-1

La proportion de formes recombinantes a augmenté à l'échelle mondiale au cours des dernières décennies :

• · 2000–2004 : environ 20,8 %
• · 2010–2014 : environ 24,2 %
• · 2020–2024 : environ 22,4 %

Bien que la proportion mondiale ait légèrement diminué au cours de la période la plus récente, les formes recombinantes continuent de se développer dans plusieurs régions, notamment :

• · Asie de l'Est,
• · Europe occidentale et centrale.

L'étude suggère que les formes recombinantes pourraient encore être sous-estimées dans certains contextes, car de nombreux programmes de surveillance reposent principalement sur des régions génomiques partielles, qui peuvent ne pas identifier pleinement les schémas de recombinaison complexes.

Le renforcement des approches de surveillance génomique sera donc important, notamment dans les régions où la transmission du VIH est élevée et où la diversité virale est croissante.

Implications en matière de santé publique et de clinique

1. Les systèmes de diagnostic nécessitent une évaluation continue inter-sous-types

L’augmentation de la diversité génétique du VIH-1 souligne l’importance d’une évaluation continue des technologies de diagnostic sur différents contextes viraux.

Bien que les plateformes actuelles de diagnostic du VIH et de test de charge virale aient démontré une large applicabilité, une validation continue contre les sous-types émergents et les formes recombinantes reste essentielle.

Les systèmes de surveillance futurs devraient intégrer :

• • épidémiologie moléculaire,
• • surveillance des performances de diagnostic,
• • et l’analyse de l’évolution virale.

2. La surveillance de la résistance aux médicaments nécessite une couverture génétique plus large

L’expansion de diverses lignées du VIH-1 peut influencer l’émergence, la détection et l’interprétation des mutations associées à la résistance.

Certaines études ont suggéré que des lignées spécifiques du VIH-1, notamment les variants apparentés à A6/A1, pourraient être associées à un risque accru d'échec virologique dans certains contextes de traitement par cabotégravir/rilpivirine à action prolongée.

Cependant, les résultats en matière de résistance sont influencés par de multiples facteurs, notamment :

• · mutations de résistance de base,
• • antécédents de traitement,
• • adhésion,
• · et le contexte génétique viral.

Par conséquent, la surveillance de la résistance tenant compte des sous-types demeure de plus en plus importante.

3. Le développement des vaccins doit tenir compte de la diversité virale régionale.

L’immense diversité génétique du VIH-1 demeure l’un des principaux défis pour le développement d’un vaccin.

L’évolution de la répartition des sous-types et des formes recombinantes souligne la nécessité de stratégies vaccinales qui prennent en compte :

• · souches circulantes régionales,
• · tendances évolutives virales,
• • et une couverture immunitaire plus étendue.

Une approche uniforme à l'échelle mondiale pourrait ne pas permettre de prendre pleinement en compte la diversité des souches de VIH-1 circulant dans le monde.

Conclusion

Cette analyse mondiale de référence sur l'épidémiologie moléculaire du VIH-1 démontre que le paysage viral mondial est caractérisé à la fois par la continuité et le changement.

Alors que le sous-type C continue de représenter près de la moitié des infections mondiales par le VIH-1, les profils moléculaires régionaux évoluent rapidement, les formes recombinantes façonnant de plus en plus les épidémies dans des régions comme l'Asie de l'Est et l'Europe.

Ces résultats soulignent l'importance d'une surveillance moléculaire continue, d'une validation diagnostique inter-sous-types et d'approches génomiques intégrées pour soutenir une prévention efficace du VIH, le suivi du traitement et le développement futur de vaccins.

Référence

1. Épidémiologie moléculaire mondiale et régionale du VIH-1 entre 1990 et 2024 : revue systématique, enquête mondiale et analyse de la prévalence. The Lancet Infectious Diseases, 2026.