Une étude métagénomique récente a révélé un spectre remarquablement diversifié de virus et de bactéries portés par les rongeurs de la province du Heilongjiang, notamment le virus Lassa, le virus de l'Amour, Salmonella et Yersinia pestis.
La recherche a utiliséKit d'enrichissement d'ARN pathogène de Macro & Micro-TestCette méthode, basée sur la technologie de capture par sonde, permet de préserver efficacement l'ARN microbien en éliminant sélectivement l'ARNr de l'hôte et d'autres fragments conservés, améliorant ainsi considérablement la sensibilité de détection des pathogènes. Cette étape d'enrichissement en ARN pathogène s'est avérée cruciale pour atteindre un taux de détection élevé et a fourni un appui technique important à la surveillance des pathogènes.
Rongeurs : principaux réservoirs de maladies zoonotiques
Les rongeurs constituent le groupe de mammifères le plus riche en espèces et le plus largement répandu, comprenant plus de 2 000 espèces dans le monde et représentant plus de 40 % de toutes les espèces de mammifères.
Outre leur importance écologique, les rongeurs constituent d'importants réservoirs et vecteurs de nombreux agents pathogènes zoonotiques.Comme les habitats des rongeurs chevauchent fréquemment les environnements humains — par le biais de morsures directes, de contacts avec des excréments ou de transmission indirecte via les puces et les acariens — les agents pathogènes qu'ils abritent constituent une menace persistante pour la santé publique.
Il est à noter que plus de 70 % des maladies infectieuses émergentes proviennent de la faune sauvage, les rongeurs représentant l'un des réservoirs viraux les plus importants.
Région frontalière du Heilongjiang : une ligne de front pour la surveillance des agents pathogènes
Le Heilongjiang, province frontalière du nord-est de la Chine, possède d'abondantes ressources écologiques et partage des frontières avec de nombreux pays. La combinaison d'une riche biodiversité et de fréquents mouvements de population transfrontaliers crée des conditions favorables à la transmission d'agents pathogènes.
Entre juin et juillet 2021, des chercheurs ont collecté 67 rongeurs sauvages dans la ville de Hengdaohezi, à Mudanjiang. Les échantillons comprenaient :
l 20Péninsules d'Apodemus
l 47Myodes rufocanus
Tous les spécimens ont été capturés dans des zones résidentielles et les terres agricoles environnantes, ce qui souligne l'étroite interface entre les établissements humains et les habitats fauniques.
Technologie d'enrichissement des pathogènes : surmonter les interférences du bruit de fond de l'hôte
Dans le séquençage métagénomique, l'ARN de l'hôte domine généralement les séquences de lecture, masquant les signaux pathogènes de faible abondance.
Pour relever ce défi, l'étude a utiliséKit de détection métagénomique des agents pathogènes de Macro & Micro-Test. Grâce à la technologie de capture par sonde, des sondes spécialement conçues se lient à l'ARNr de l'hôte et aux séquences conservées, permettant leur épuisement et enrichissant ainsi l'ARN microbien.
Cette approche a considérablement amélioré la sensibilité de détection des pathogènes, permettant ainsi au séquençage ultérieur de récupérer une proportion plus élevée de séquences pathogènes. L'étape d'enrichissement a jeté les bases d'une caractérisation précise du spectre des pathogènes portés par les rongeurs.
Après enrichissement, les échantillons d'ARN ont subi une transcription inverse, la construction de la banque et un séquençage à haut débit. L'analyse bioinformatique a inclus :
l Filtrage du génome hôte
l Classification taxonomique à l'aide de Kraken2
l Correction d'abondance avec Bracken
Ce processus a permis de générer un profil complet des communautés virales et bactériennes.
Résultats de la recherche : Co-circulation de plusieurs virus et bactéries
Résultats viraux
Les virus détectés appartenaient à 21 familles virales, dontArenaviridaeetHantaviridae.
À traversde novoL'assemblage à l'aide de Megahit a généré 154 contigs viraux, dont 110 se sont alignés avec 19 virus appartenant à huit familles.
In Péninsules d'ApodemusLes virus suivants ont été identifiés :
l Arénavirus : virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantavirus : virus de l'Amour, virus Puumala
In Myodes rufocanusL'artérivirus du rat et le virus de l'Amour ont été détectés.
Parmi ces agents pathogènes :
Le virus Lassa est un agent causal de la fièvre hémorragique virale, avec des taux de mortalité atteignant environ 20 %.
Le virus de l'Amour est l'un des agents pathogènes responsables de la fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR). La Chine enregistre la plus forte incidence mondiale d'infections à hantavirus.
Résultats bactériologiques
Au total, 1 051 genres bactériens ont été annotés.
Les genres les plus abondants étaient :
lSalmonelle(26–31%)
lYersinia(11–23%)
SalmonelleIl s'agit d'un pathogène majeur d'origine alimentaire, responsable d'environ 9 millions de cas de fièvre typhoïde et d'environ 110 000 décès par an dans le monde.
Yersinia pestisLe parasite responsable de la peste a provoqué trois pandémies historiques. La province du Heilongjiang est reconnue comme l'un des foyers naturels de peste en Chine et demeure une région prioritaire pour la surveillance de cette maladie.
Importance de l'étude
Contributions scientifiques
Cette étude constitue le premier signalement de fragments du virus Lassa et du virus de l'artérite du rat chez des rongeurs du Heilongjiang, élargissant ainsi la base de données chinoise sur les agents pathogènes transmis par les rongeurs.
Elle caractérise systématiquement les communautés virales et bactériennes des populations locales de rongeurs, fournissant des données de référence pour la surveillance des zoonoses dans les régions frontalières.
Implications pour la santé publique
Ces résultats soulignent la nécessité d'une surveillance continue et d'un dépistage des agents pathogènes.A. péninsulesetM. rufocanus.
Ces données fournissent des preuves scientifiques à l'appui des stratégies de contrôle à la source de maladies telles que la peste et la fièvre hémorragique avec syndrome rénal.
Points forts méthodologiques
Le séquençage métagénomique permet une détection objective des agents pathogènes connus et nouveaux.
Dans cette étude, la technologie d'enrichissement en pathogènes de Macro & Micro-Test a démontré une performance remarquable, améliorant efficacement la détection des pathogènes cibles dans des échantillons biologiques complexes. Les résultats confirment sa capacité à faciliter l'identification de pathogènes à haute sensibilité dans le cadre de la surveillance de la faune sauvage.
Recommandation de produit
Compte tenu de son application réussie dans cette étude, le kit d'enrichissement d'ARN pathogène Macro & Micro-Test est fortement recommandé pour la recherche en surveillance métagénomique.
En éliminant efficacement les acides nucléiques de l'hôte et en enrichissant les séquences microbiennes, ce kit améliore considérablement la sensibilité de détection et la qualité des données. Il constitue un outil essentiel pour l'identification précise des pathogènes dans des échantillons complexes et apporte un soutien technique précieux à la surveillance de la santé publique, à l'évaluation des risques zoonotiques et à la préparation aux épidémies.
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Date de publication : 2 mars 2026